Más adelante será posible conectar más de un disco HDD a la consola.
Nintendo ha confirmado que su nueva consola de sobremesa, Wii U, será compatible con discos duros externos de hasta 2TB de capacidad, en los que se podrán volcar todos los datos guardados en la consola. Matiz importante ya que las tarjetas SD solo permitirán guardar datos desde el PC, datos de la Consola Virtual de Wii, WiiWare y partidas guardadas de juegos de Wii; pero no así con los datos de juego de los títulos para Wii U.
Retomando el tema de los discos duros, solo se podrá conectar uno en la consola, y este no podrá desconectarse mientras Wii U se encuentre enchufada a la corriente. En este sentido, la consola será compatible con la gran mayoría de discos HDD del mercado, aunque Nintendo solo garantiza la compatibilidad total con los discos de alimentación externa. También avisan que las memorias USB o pendrives podrían dar problemas en algunos casos puntuales.
Para usar los discos duros externos habrá que formatearlos con Wii U. A partir de ese momento dejarán de funcionar en PC (habría que volver a formatearlos). Por otro lado, la consola solo tendrá en cuenta un máximo de 2TB de espacio libre, aún a pesar de que el disco empleado ofrezca una mayor capacidad de almacenaje.
Nintendo promete que más adelante será posible usar más de un disco duro externo a la vez.