Puedes desbloquear diferentes finales para el juego:
· Final Malo: Alcanza la carretera vieja 5 y derrota a Mother Genome antes de encontrarte con Jadore.
· Final Normal: Derrota a Mother Genome tras adquirir a Jadore como personaje, o derrota todos los genomas humanos y a Edward sin superar las 50 plantas en Abyssal Gate.
· Final Auténtico: Activa todas las banderas, consigue todos los personajes, derrota todos los genomas humanos, completa Abyssal Gate y derrota a Edward.